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當(dāng)前位置:北京百泰派克生物科技有限公司>>檢測技術(shù)服務(wù)>>蛋白分析>> C端測序:避免LC-MS/MS分析中的8
產(chǎn)品型號
品 牌百泰派克
廠商性質(zhì)其他
所 在 地北京市
更新時間:2025-05-25 13:04:09瀏覽次數(shù):45次
聯(lián)系我時,請告知來自 化工儀器網(wǎng)什么是化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)?檢測技術(shù)服務(wù)
蛋白質(zhì)測序有哪些好處?檢測技術(shù)服務(wù)
蛋白質(zhì)測序的原理和步驟檢測技術(shù)服務(wù)
什么是蛋白質(zhì)定量分析?檢測技術(shù)服務(wù)
細(xì)胞表面蛋白質(zhì)組學(xué)分析檢測技術(shù)服務(wù)
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dànbáizhì組學(xué)中的LC-MS/MS分析(液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜)廣泛應(yīng)用于dànbáizhì鑒定、修飾研究和定量分析。然而,在C端測序(C-terminal sequencing)過程中,許多研究人員可能會在實(shí)驗設(shè)計、數(shù)據(jù)采集和數(shù)據(jù)分析等方面犯下一些常見錯誤,影響zuì終的研究質(zhì)量和結(jié)論的可靠性。本文將總結(jié)LC-MS/MS分析中C端測序的八大常見錯誤,并探討如何避免這些問題,以獲得更準(zhǔn)確的dànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)。
一、樣本處理階段的常見誤區(qū)
? 錯誤1:樣本制備不充分
在C端測序中,樣本純度對后續(xù)酶解和質(zhì)譜分析影響尤為顯著。高鹽、去污劑、宿主蛋白等雜質(zhì)會干擾離子化效率、降低信噪比。
?建議:
* 采用超濾、凝膠過濾等方式去除雜質(zhì);
控制蛋白濃度;
樣本-80℃保存,避免反復(fù)凍融,防止蛋白降解或C端修飾丟失。
二、酶解策略中的技術(shù)盲區(qū)
? 錯誤2:僅依賴yídànbáiméi進(jìn)行酶解
yídànbáiméi對C端肽段識別有限,容易錯過重要信息。
?建議:
* 聯(lián)合使用 Glu-C、Asp-N、Lys-C 等不同特異性酶;
嘗試蛋白酶K等非特異性酶提高覆蓋;
優(yōu)化酶解時間、pH、溫度和E:S比,避免過度或不wánquán酶解。
三、質(zhì)譜設(shè)置中的“隱性失誤"
? 錯誤3:質(zhì)譜儀參數(shù)未優(yōu)化
碎裂模式、質(zhì)量分辨率、碰撞能量(NCE)若未根據(jù)樣本類型進(jìn)行調(diào)整,極易造成C端信號丟失。
?建議:
HCD 可增強(qiáng) y 離子,有利于C端序列判斷; 合理設(shè)置質(zhì)量窗口和NCE,建議通過預(yù)實(shí)驗調(diào)優(yōu)。
四、液相分離的不當(dāng)設(shè)置
? 錯誤4:色譜保留時間不合理
C端肽段的理化特性與普通肽段可能不同,若分離不充分或過早洗脫,容易信號弱、重疊多。
?建議:
* 使用 UHPLC 提升分辨率;
優(yōu)化流動相有機(jī)比例和pH值;
選擇適合的色譜柱(如C18、C8)匹配C端疏水/親水特性。
五、數(shù)據(jù)分析流程中的配置問題
? 錯誤5:數(shù)據(jù)庫搜索參數(shù)設(shè)置不當(dāng)
使用默認(rèn)參數(shù),往往會忽視C端非特異性酶解和常見修飾,錯失關(guān)鍵序列。
?建議:
* 設(shè)置“允許非特異性酶切";
添加如C端乙酰化、酰胺化、磷酸化等可變修飾;
控制 FDR ≤ 1%,確保識別可信度。
六、結(jié)果篩選標(biāo)準(zhǔn)不科學(xué)
? 錯誤6:過濾策略過松或過嚴(yán)
過嚴(yán)的過濾(如FDR過低)可能過濾掉真實(shí)肽段,過松則增加假陽性。
?建議:
* 綜合考慮匹配分?jǐn)?shù)、肽段覆蓋率、修飾位置等參數(shù);
使用多指標(biāo)評分策略提升篩選精度。
七、C端修飾被忽視
? 錯誤7:未考慮C端翻譯后修飾
酰化、泛素化、糖基化等C端修飾可能顯著改變碎裂行為,導(dǎo)致分析失敗。
?建議:
* 根據(jù)目標(biāo)蛋白特點(diǎn),在數(shù)據(jù)庫設(shè)置中加入相應(yīng)修飾;
必要時結(jié)合 PRM 靶向驗證補(bǔ)充確認(rèn)。
八、驗證手段缺失
? 錯誤8:結(jié)果未多重驗證
僅憑一次測序結(jié)果作結(jié)論,可能導(dǎo)致誤判。
?建議:
* 采用不同酶解策略重復(fù)驗證;
合成肽段驗證;
融合突變體驗證關(guān)鍵C端序列。
C端測序LC-MS/MS分析技術(shù)的jīngzhǔn實(shí)施,需要研究者深刻理解其與常規(guī)dànbáizhì組學(xué)分析的范式差異。從樣品制備到數(shù)據(jù)分析的全流程優(yōu)化,本質(zhì)上是對dànbáizhì羧基化學(xué)特性的深度適配。百泰派克生物科技提供zhuānyè的dànbáizhìN/C端測序服務(wù),可解決您的項目問題,加速您的研究項目,為您帶來優(yōu)質(zhì)的服務(wù)體驗。
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,N端測序,C端測序和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),對蛋白序列進(jìn)行分析。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實(shí)現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;
4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;
6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實(shí)驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;
2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;
3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實(shí)驗結(jié)果重復(fù)度高;
4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。
百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白
采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。
2.分析數(shù)量大,成本較低
單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。
3.應(yīng)用前景大
①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;
③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。
百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。
1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);
2.獲國家CNAS實(shí)驗室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);
3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;
4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;
5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;
6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!
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