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1．選用優質的瓊脂糖：不同品牌的瓊脂糖在質量上有較大的差異。劣質瓊脂糖會導致DNA條帶模糊，甚至條帶缺失。因此請盡量選擇質量穩定可靠的品牌。
2．選擇適當的凝膠濃度：
瓊脂糖凝膠的線性DNA分辨范圍
3．凝膠制備：配制凝膠和電泳應選用相同的1x緩沖液；使用的容器體積至少是凝膠溶液的3倍，以免溶液沸騰時溢出；制膠過程中盡量趕除氣泡；根據樣品的濃度和體積選擇適當大小的梳子。
4．選擇適當的電泳緩沖液：GenStar® SD緩沖液（Cat. No. E101-50）和TBE緩沖液適用于分離比較小的DNA片段，TAE緩沖液（Cat. No. E102-50）適用于分離比較大的DNA片段；緩沖液應及時更新；膠回收純化應使用新鮮配制的1x電泳緩沖液，以防核酸酶和DNA雜帶污染。
5．核酸樣品的準備：提取的DNA樣品應去除蛋白和多余的鹽分等雜質；PCR樣品應盡量在24小時內電泳檢測，否則條帶容易模糊。
6．上樣緩沖液：所有泳道應使用相同的上樣緩沖液，以防止因離子強度不同造成條帶遷移率偏差。
7．適量上樣：上樣過多會導致上樣孔超載，出現拖帶現象；上樣體積過小可能導致條帶亮度不均。
8．電壓及電泳時間：根據電泳槽型號、凝膠濃度、電泳緩沖液種類和目的條帶大小等選擇適當的電壓和電泳時間。使用GenStar®SD電泳緩沖液時，電壓設置為20~35 v/cm膠長；使用TAE或TBE緩沖液時，最大電壓以不超過20 v/cm膠長為宜。
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