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基線是氣相色譜儀運行中，性能的綜合表現，組成儀器的各部分發生故障、操作條件和外界條件的變化等因素都會反映到基線上，因此可以根據基線(色譜圖)判斷故障的原因和部位。

正常操作中基線出現無規則毛刺

另外在使用整機基線（色譜圖）異常，分析排除故障前先做以下三點工作：

第一，仔細核查操作條件，是否與分析方法要求一致；

第二，懷疑有了故障色譜圖和所存的標準色譜圖對照，判斷是否真出了問題，千萬不要盲目檢修儀器；

第三 ，逐項仔細觀察儀器或設備工作狀態，看是否存在誤操作。