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水質細菌快速檢測儀的工作原理基于生物化學反應和熒光發射。ATP（三磷酸腺苷）是所有生物體中普遍存在的能量分子，其含量可反映微生物或其他生物體的數量。ATP拭子含有可以裂解細胞膜的試劑，能將細胞內ATP釋放出來，與試劑中含有的特異性酶發生反應，產生光， 熒光強度與ATP含量成正比，因此通過檢測熒光強度，可以間接判斷樣品中微生物或其他生物殘留的量。

純凈水微生物檢測儀檢測精度高，只需不到一分鐘就可以快速檢出樣品細菌含量，其可操作性強，使用簡便，能夠滿足絕大多數場景檢測準確度要求和成本要求。

除了水質細菌檢測之外，ATP熒光檢測方法還可用于其他領域如：

食品安全檢測：ATP熒光檢測儀廣泛應用于食品生產和加工行業，用于快速檢測食品表面、生產設備、工作臺面等處的微生物污染程度，判斷清潔度是否達標。

醫療衛生：在醫院、診所等環境中，ATP熒光檢測儀用于檢測醫療器械、病房、手術室等清潔度，確保醫療環境的衛生安全。

公共衛生：在公共場所、酒店、餐飲、學校等地，用于環境衛生的快速篩查，評估清潔消毒效果。

環境監測：在土壤等環境樣本中，用于快速評估微生物污染水平。

實驗室及科研：在生物實驗室內用于快速檢測微生物生長狀況，以及在環境微生物學、生物工程等領域中也有應用。