瓊脂糖凝膠電泳是根據核酸（DNA或RNA）分子大小來分離和識別物質的技術。那么你知道瓊脂糖凝膠電泳的常見問題有哪些嗎？讓我們一起來看看吧！
一、同樣大小的DNA一起跑電泳條帶不一樣大
DNA條帶不一樣大，本質上是DNA在凝膠中的遷移率不一樣，有的跑得快，有的慢，通常情況同樣大小的DNA，遷移率是一樣的，條帶位置也會一樣。
但遷移率也受很多因素影響，例如DNA的構象。例如環狀超螺旋結構的DNA，和同等大小的線性DNA（例如單位點酶切后的質粒），前者的遷移率要高，表現出來就是看上去超螺旋結構的DNA分子量好像小一點。
二、加大電泳的電壓，DNA會跑得快，但有時效果卻不明顯
在較低電壓時，提高電壓，DNA的遷移率也會提高；但如果DNA分子量太大時，增加電壓后對DNA遷移率的提高其實不成比例，說白一點，就是有效果，但不明顯。
例如，當DNA分子量大于2Kb后，施加在電泳槽兩端的電壓不應該高于5V/cm，如果電泳槽長40cm，那么電壓不應該高于200V。
三、瓊脂糖質量對電泳效果有多大影響
有時候，換了一個批次的瓊脂糖，或者更換了新的供應商的瓊脂糖后，同樣的樣品進行電泳，效果也會有差異。
最常見的一個原因在于，瓊脂糖本身的質量也是影響電泳結果的一個因素。
瓊脂糖由大量的多糖組成，這些多糖會與硫酸鹽吸附，成為一種叫硫酸化多糖的東西。在電泳時，它會產生正電荷，并向陰極移動，也就是和DNA移動的方向相反。
四、電泳緩沖液對電泳效果有多大影響
電泳時，電泳緩沖液是一種經常需要更換的試劑。
最li想的狀態，應該是，使用同一批次的電泳緩沖液母液進行1X電泳緩沖液的配置和對應檔次電泳的凝膠配置。因為只有這樣操作，才能保證整個離子緩沖環境是一致的。
另外，常見的電泳緩沖液的使用錯誤，還包括，直接倒入自來水替代電泳緩沖液，或者直接使用10X或50X的母液當緩沖液進行電泳。‘
前者因為緩沖體系內缺乏足夠的離子，造成電導率很低，DNA遷移速度很慢，甚至wan全不動了；而后者則因為電導率太高，造成整個緩沖液產熱太厲害，甚至連凝膠都融化了。
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