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冷凍干燥機有下列優點：

一．冷凍干燥機在低溫下進行，因此對于許多熱敏性的物質特別適用。如蛋白質、微生物之類不會發生變性或失去生物活力。因此在醫藥上得到廣泛地應用。

二．在低溫下干燥時，物質中的一些揮發性成分損失很小，適合一些化學產品，藥品和食品干燥。
三．在冷凍干燥過程中，微生物的生長和酶的作用無法進行，因此能保持原來的性裝。
四．由于在凍結的狀態下進行干燥，因此體積幾乎不變，保持了原來的結構，不會發生濃縮現象。
五．干燥后的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水后溶解迅速而*，幾乎立即恢復原來的性狀。
六．由于干燥在真空下進行，氧氣極少，因此一些易氧化的物質得到了保護。
七．干燥能排除95-99%以上的水份，使干燥后產品能長期保存而不致變質。