二、TOPO克隆
2. 建議使用高保真酶進行目的片段的 PCR 擴增,并摸索退火溫度,優化反應體系和程序。
PCR產物的純化回收
1.PCR 反應后,產物應當進行瓊脂糖凝膠電泳鑒定,判斷是否存在目的大小的條帶;
2.推薦使用切膠回收的方式純化 ( 切膠時間最好控制在 3min 內,避免紫外照射對 DNA 的損傷 ),回收濃度使用 NanoDrop/OneDrop 等儀器檢測,濃度應當≥ 30ng/μl,并跑膠鑒定是否僅存在目的條帶;
3.回收濃度低時,可通過增加 PCR 反應體系,采取多管反應單管回收的方式,提高回收產物的濃度。目的片段連接至載體
1.連接反應體系按照說明書要求投入,各組分投入體積≥ 1μl,若濃度過高可稀釋后使用;
2.連接反應溫度可嘗試 25°C或 37°C,時間 5min,若不長克隆或克隆空載體 / 假陽性,時間可嘗試延長至 30min;
感受態轉化涂板
1.連接產物轉化的感受態細胞選擇使用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化學感受態細胞;
2.感受態細胞不可反復凍融使用,-80°C取出后建議一次用完;
3.重組產物體積與感受態細胞體積的比例為 1:10,推薦 10μl 重組產物加入至 100μl 感受態細胞或 5μl 重組產物加入至 50μl 感受態細胞;
4.熱激時間:按照感受態細胞說明書操作進行;
5.平板抗生素抗性:平板使用抗性與轉化的載體抗性需保持一致;
6.菌液涂板體積:將菌液離心(2500×g,3min),移液槍吸取丟棄多余 LB 培養基,保留100μl 重懸后全部涂板;或吸取合適體積涂板。
單克隆菌落PCR鑒定
1.挑取平板中體積大小適中的單克隆菌落,避免選擇過大或過小的單克隆菌落;
2.挑取數個單克隆菌落進行鑒定分析;
3.挑取的菌落放入已添加 10μl ddH2O 的 1.5ml 或 2ml EP 管中溶解混勻后,吸取 1-2μl 作為PCR 反應(10/20μl 體系)模板;
4.推薦使用一對分別位于片段和載體的上下游引物進行 PCR 鑒定。
常見問題分析:
不長克隆
1. 片段類型錯誤:只兼容 PCR 擴增產物,且引物 5’端不可磷酸化修飾;2. 模板存在 Amp/kana 抗性的質粒:對目的片段進行切膠回收。
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