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亞磷酰胺，也稱為amidite，是一種用于合成寡核苷酸的化合物，寡核苷酸是短鏈核苷酸。它們由連接到亞磷酰胺基團的核苷堿基（腺嘌呤、鳥嘌呤、 胞嘧啶、胸腺嘧啶或尿嘧啶）組成，亞磷酰胺基團能夠在合成過程中與不斷增長的核苷酸鏈形成共價鍵合。

寡核苷酸合成中的亞磷酰胺

亞磷酰胺主要用于構建寡核苷酸序列的過程，該過程分為多個步驟，通常為三步或四步。每個步驟都涉及特定的反應和純化步驟，以將單個核苷酸添加到不斷增長的寡核苷酸鏈中并組裝所需的更長序列。在合成過程中，亞酰胺被激活并附著在固體載體上，例如樹脂或玻璃珠。通過一系列偶聯、脫保護和洗滌步驟，寡核苷酸鏈按照預先定義的 amidites 序列一次延長一個核苷酸。合成完成后，寡核苷酸從固體支持物上釋放并純化以供進一步應用（圖1）。

該過程已通過高通量合成器和固相合成技術的進步實現自動化，從而能夠更快、更高效地生產合成寡核苷酸。這種自動化方法能夠快速、高效地合成用于各種應用的定制寡核苷酸，例如 DNA 測序、基因合成和分子診斷。

最近，弗萊堡大學的 ABMS 實驗室提出了一鍋液相合成技術，該技術涉及在單個反應容器或系統內發生的整個過程，無需在核苷酸添加之間進行中間純化步驟，從而簡化了過程減少總體合成時間。在這種方法中，所需的核苷酸、亞酰胺和試劑組合在一起，并經歷一系列反應和條件，同時促進偶聯和脫保護（圖 2）。

該方法具有簡單和快速的優點，但與傳統的逐步合成方法相比，實現高純度和產率可能具有挑戰性。兩種技術之間的選擇取決于所需的寡核苷酸長度、序列復雜性、時間限制以及研究或應用的具體要求等因素。研究人員在決定采用哪種方法時會考慮成本、效率、可擴展性和產品純度等因素。