因為儀器長時間使用，反應室內有會有殘余物沉積，導致靈敏度降低，分析結果不重復等，所以用戶應根據使用情況定期清洗反應室。
清洗過程如下：
（1） 關閉所有電源開關；
（2） 打開機蓋和屏蔽蓋，拔去暗室高壓電源及信號源插頭，斷開三根連接管線；
（3） 旋開暗室底座（有氣路管線的端蓋），再旋開反應室壓蓋螺絲，小心取下壓蓋、濾光片、石英片；用擦鏡紙擦石英片和濾光片，用干凈的軟布擦拭反應室內壁，如有必要，可沾用丙酮或乙醇擦洗干凈，再用氧氣吹干；
（4） 反應室清洗完畢，重新按順序安裝。
注意：固定濾光片、石英片時，動作要平穩，緊固程度以保證不漏氣即可，謹防濾光片、石英片破裂。濾光片、石英片位置不要裝反，石英片在反應室內壁，用于保護濾光片。
（5） 把反應室旋進暗室后，再把三根連接管線接到相對應的氣路中去，避免漏光和漏氣現象。
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