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水樣采集按照《地表水和污水監測技術規范》（HJ/T 91-2002標準）的相關規定執行。
采集的水樣應充滿并密封于棕色玻璃瓶中，水樣量不小于1000 mL，在0～4℃的暗處運輸和保存，并于12 h內盡快分析。24 h內不能分析，可冷凍保存（冷凍保存時避免培養瓶破裂），冷凍水樣分析前需解凍、均質化和接種。冷凍水樣可能會造成測定值偏低的現象。
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