本質上是填料(固定相)的不同,正相色譜柱填料極性強,洗脫順序由弱到強；反相色譜柱填料極性弱，洗脫順序由強到弱。
1、正相色譜
正相色譜用的固定相通常為硅膠(Silica)以及其他具有極性官能團胺基團，如(NH2，APS)和氰基團(CN，CPS)的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基(SiOH)或其他極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中各組分的極性大小，即極性較弱的組份最先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如正已烷、氯仿、二氯甲烷等。
2、反相色譜
反相色譜用的填料常是以硅膠為基質，表面鍵合有極性相對較弱官能團的鍵合相。反相色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩沖液與甲醇、乙腈等的混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組分最先被沖洗出，而極性弱的組分會在色譜柱上有更強的保留。
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