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甲胎蛋白（AFP）是HCC監測中常用的生物標志物，目前主要用于肝細胞癌的早期篩查、早期診斷以及腫瘤治療后的監測和隨訪。異常凝血酶原（DCP）是肝臟在合成凝血酶原的過程中前體羧化不全部所致的一種異常凝血酶原。DCP不依賴于甲胎蛋白的分泌，可作為甲胎蛋白陰性肝癌患者的早期篩查和治療后隨訪和監測。異常凝血酶原在體內會受到維生素K代謝的影響，缺乏維生素K或者使用維生素K拮抗藥物的人群，也會存在異常凝血酶原的升高，并不代表患有肝癌。α-L-巖藻糖苷酶（AFU）是一種溶酶體酸性水解酶，在人體細胞及體液中廣泛分布，其中肝組織和腎組織中含量最高，其主要負責水解糖蛋白和糖脂的巖藻糖苷鍵，AFU可作為原發性肝癌早期篩查的腫瘤標志物。磷脂酰肌醇蛋白聚糖3（GPC3）是一種細胞表面硫酸乙酰肝素糖蛋白，在細胞的生長發育中起著重要的調控作用，在肝癌中高度表達。

篩查和早診早治是世界普遍認同的降低肝癌發病率、病死率的有效手段，相信在不久的將來，用于監測、診斷、預后和治療后評估的肝癌生物標志物會有更大的臨床作用。

已有一些蛋白被鑒定可用作肝癌標志物（見表1）