一般對于度要求不高的用戶，可以考慮手動的或者半自動的菌落計數器。手動的價格比較便宜，市場價大約都在800-1200元，稍微好點的，是半自動的帶有語音讀報功能的，放大倍數在3級以上的，市場價要2500元左右，這種已經能夠滿足大多數用戶的計數要求。較高配置的全自動計數器，多用在微生物實驗室里，像素主要有300萬，900萬和1000萬三個規格。軟件方面添加了很多分析功能，價格也在3-8萬。
1、儀器應放置在平整牢固的實驗臺上使用。
2、點數菌落時，計數筆不要過于傾斜，輕輕點下至有彈跳感，聽到“嘟”聲即可，如點按過重，易損壞計數筆。
3、儀器應防潮、防劇烈震動、防直接日光暴曬、防酸堿侵蝕，用后應加防塵罩。
4、注意防止細菌污染計數池。
5、
BLJ-III菌落計數器發生不計數的問題，可按檢驗鍵。如計數，說明計數筆壞。如仍不計數，說明儀器本身有問題，若發現故障，請不要隨意拆卸，應請有經驗的技術人員檢修，或由本廠檢修。
