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在每瓶流動相中配有過濾器，應定期檢查溶劑過濾器是否變色(尤其是盛放水相的溶劑瓶)，定期清洗溶劑過濾器及溶劑瓶，每三個月至少清洗一次。對于以下幾點流動相部分的注意事項更是在每次使用都應當注意的。
應該使用HPLC級的溶劑，不能互相混溶的溶劑不可以直接切換。一般在水相和與其不能混溶的溶劑切換時，使用異丙醇作為過渡溶劑。
注意溶劑的截止波長。截止波長是指該溶劑可以在紫外檢測器中使用的波長,低于該波長后,溶劑會有很強的紫外吸收，從而影響基線的穩定性、干擾對所分析物質的檢測。
HPLC所使用的水必須是新鮮的和經過0.45μm濾膜過濾過的(RRLC則必須使用0.2μm濾膜過濾)。建議每天更換新鮮的水。長期不用時，必須把使用水的管路用有機溶劑置換，防止長霉。
儀器使用完后要采用適當的溶劑沖洗等方法維護色譜柱和系統。如果使用了緩沖鹽一定先將鹽要沖洗干凈。
儀器長期不用時，最好不要使用純乙腈封存。因為乙腈有生成聚合物的趨勢。建議使用甲醇、甲醇/水或乙腈/水封存。
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