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液相色譜儀最常見的故障就是堵塞了，“堵"的表現通常是柱壓異常升高，直接原因就是流路不暢。
首先我們要認識到，一般的國產甲醇其實不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題。真正容易引起問題的，是水中的細菌。新制備的純水在室內放置幾天就會長菌，而這些細菌雖然肉眼不可見，卻足以堵塞柱填料顆粒的空隙，造成柱子很快報廢。
（2） 成箱購買市售品牌純凈水，這些水的質量足以應付液相色譜的要求。
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