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液相色譜儀流動相常用的脫氣方法有：氦氣脫氣、真空脫氣、超聲波脫氣、加熱回流脫氣等。對混合溶劑，若采用抽氣或煮沸法，則需要考慮低沸點溶劑揮發造成的組成變化。
1、氦氣脫氣：氦氣脫氣是很有效的脫氣方法。氦氣緩緩的通過流動相趕去溶入的空氣，如果使用得當，在10min內可除去80%～90%的溶入氣體。由于氦氣在流動相中的溶解度極低，所以用氦氣脫氣保護的流動相可以認為是一個無氣體溶解體系。其缺點是氦氣價格比較昂貴，會增加檢驗成本。一般說來有機溶劑中的氣體易脫除，而水溶液中的氣體較頑固。在溶液中吹氦是相當有效的脫氣方法，這種連續脫氣法在電化學檢測時經常使用。但氦氣昂貴，難于普及。
2、真空脫氣：也是比較常用的脫氣方法。現在多數企業都常用這種辦法，貯液器被抽成部分真空，溶入的氣體蒸發形成氣泡溢出，其效果僅次于氦氣脫氣。象Agileng1200液相色譜使用的是在線脫氣機。在線脫氣只適合脫完氣之后的流動相，在使用過程中的微量脫氣。
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