流動(dòng)相配制完畢后一定要通過(guò)溶劑過(guò)濾器（0.45或0.22µm）過(guò)濾水中的顆粒，這些顆粒很可能會(huì)造成色譜柱不可恢復(fù)的損害，使色譜柱壓力增高，柱效降低。流動(dòng)相由于濃度較稀，長(zhǎng)時(shí)間放置容易滋生菌類，因此流動(dòng)相的壽命不應(yīng)該超過(guò)7天，如色譜柱和抑制器允許，可以在流動(dòng)相中添加適量有機(jī)溶解(如5%丙酮)，可以抑制菌類的生長(zhǎng)。新流動(dòng)相更替舊流動(dòng)相時(shí)，應(yīng)該先將色譜柱前的管路沖洗干凈后再連接色譜柱。

從淋洗強(qiáng)度來(lái)看，對(duì)于常規(guī)陰離子，碳酸納的能力遠(yuǎn)遠(yuǎn)強(qiáng)于碳酸氫鈉和氫氧化鈉，而氫氧化鈉的能力略弱于氫氧化鈉，使用碳酸鈉/碳酸氫鈉緩沖體系可以兼顧到強(qiáng)弱關(guān)系，一般不使用梯度就可以完成較好的洗脫，基線平整；而氫氧化物由于只能采用濃度的方式，梯度洗脫是其常用的方法，基線有可能漂移，但氫氧化物抑制后產(chǎn)物為水，背景電導(dǎo)比碳酸鹽系統(tǒng)的背景（碳酸）要低很多，這樣噪音相對(duì)小一些，碳酸鹽系統(tǒng)增加二氧化碳抑制裝置可以達(dá)到同樣的基線背景。
對(duì)于某些分析，流動(dòng)相中加入適量的有機(jī)溶劑可以達(dá)到一定的效果。如樣品含有機(jī)物較多，流動(dòng)相中添加乙腈或丙酮可以減少有機(jī)雜質(zhì)在色譜柱上的保留，從而延長(zhǎng)色譜柱的使用壽命。而某些離子在添加有機(jī)溶劑后保留時(shí)間有很大的變化，這樣可以將原本無(wú)機(jī)鹽體系無(wú)法分析的離子加以分離。
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