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實驗室中的器具分為：玻璃儀器、金屬儀器、橡膠制品及塑料制品等，每一種消毒措施都不同，嚴格的按照標準進行消毒時非常重要的環節。而目前常常用到的消毒方式有物理方法和化學方法兩種。
其中實驗室物理方法包含：干熱滅菌法、濕熱滅菌法、過濾除菌法、射線殺菌法等
1. 干熱滅菌法：利用恒溫干燥箱內120℃~150℃的高熱，持續90·120分鐘，殺死細胞和芽孢，主要適用于易破損的玻璃器皿、金屬器械已經不能和蒸汽接觸的物品滅菌
2. 濕熱滅菌法：壓力蒸汽濕熱滅菌法，利用高壓蒸汽以及蒸汽環境中存在潛熱作用和良好的穿透力，使菌體蛋白質凝固變形而使微生物死亡
3. 射線滅菌法：利用紫外線進行照射滅菌，利用低能量的電磁輻射，可以殺滅多種微生物，作用于機制是通過微生物的核酸及蛋白質等的破壞作用而使其滅活。
4. 過濾除菌法：將液體或者氣體通過有為空的微膜過濾，使大于濾膜孔徑的細菌等微生物顆粒阻留，從而達到除菌方法
5. 化學消毒劑消毒法：用于不利于用物理方法進行滅菌的物品、空氣、環境、器械、工作面、操作者皮膚、某些實驗器皿等，常用化學試劑進行消毒，在使用時應注意安全，特別在皮膚或實驗材料商的消毒劑。
而在消毒劑的使用中常用的包括甲醛、高錳酸鉀、70%-75%乙醇、過氧乙酸、過氧化氫、銀離子復合型、來蘇爾水、環氧乙烷、碘伏或碘酊等。
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