水質分析項目與運行控制指標需要掌握三方面內容:①水質分析的項目;②水質測定頻次;③運行控制指標。
①試運行確定條件后，即可轉入正常運行。為了經常保持良好的處理效果，積累經驗，需要對處理情況定期進行水質分析檢測。
水質分析的項目有:
(a) 反映處理效果的項目:進出水總的可溶解性的BOD、COD（COD在線監測儀）、進出水總的和揮發性的SS,.進出水的有毒物質(對應工業廢水）；
(b) 反映污泥情況的項目:污泥沉降比(SV% ) , MLSS, MLVSS, SVI、溶解氧、微生物觀察等;
(c) 反映污泥營養和環境條件的項目:氮、磷、pH、水溫等。
②一般SV和溶解氧每2~4h測定一次，至少每班一次，以便及時調節回流污泥量和空氣量。微生物觀察每班一次，以預示污泥異?，F象。除氮、磷、MLSS, MLVSS, SVI可定期測定外，其他各項應每天測一次。水樣除測溶解氧（溶解儀）外，均取混合水樣。
此外，每天要記錄進水量、回流污泥量和剩余污泥量，還要記錄剩余污泥的排放規律和電耗等。剩余污泥(或回流污泥)濃度也要定期測定。上述檢測項目如有條件，應盡可能進行自動檢測和自動控制，并據此分析反應器的運行情況，針對出現的問題做出對策。
③在厭氧污泥的培養過程中，應經常及時對pH（PH控制器）、酸(堿)度、產氣量及氣體中二氧化碳含量等指標，以及工藝參數(例如:投配負荷、加熱溫度等)進行連續檢測，分析其變化情況，對照正常指標和理論規律，對培養過程隨時予以調整。
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