厭氧生物處理的特點是微生物增殖到設計量所需的時間較長，污泥產量低。厭氧處理反應器一般為密閉的構造。由于看不見裝置內部的情況，一般通過觀察和監測處理出水和裝置內部的水質來維持正常運行狀態。
有的厭氧生物處理采用兩相厭氧法。它是把酸化和甲烷發酵在兩個獨立的反應器內進行。為防止酸化反應器pH（PH儀表）降低，向其投加堿，防止對甲烷發酵反應器的影響。有機物在甲烷反應器出口的pH應維持在5以上。兩相厭氧法因為向酸化反應器投加堿會增加運行費用，因此投加量不能過度。
升流式厭氧污泥床(UASB)的監測項目有反應器內的污泥量、水溫、出水的pH和產氣量。在運行管理上，維持反應器內足夠的污泥量是重要的項目。另外，由于反應器為密閉構造，加上處理后的水是黑色，透明度差，看不見污泥流出，一般要監測觀察處理出水的污泥量和反應器內污泥界面高度，確保維護足夠的污泥量。
厭氧生物濾池的大特點是載體易堵塞，發生短流使處理效率下降、可采用示蹤方法，測定停留時間來判斷是否堵塞。
pH降低是有機酸積累的征兆。當pH（PH儀表）降低時，應立即停止進水，加堿誠進行中和，待有機酸減少后，通水二周左右達到議計水量。
沼氣產量也是重要監測內容。當沼氣產量下降時，如果不是沼氣管道漏氣，說明甲烷菌的活性不夠，應采取和防止pH（PH控制儀）下降相同的辦法，提高產氣量。
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