載人航天工程是當今世界高新科技發展水平的集中展示，也是衡量一個國家綜合國力的重要標志。1992年我國啟動的載人航天工程是繼“兩彈一星”之后，又一個國家重大科技工程。也是我國航天事業創立以來規模zui龐大，系統zui復雜，可靠性和安全性要求zui高的航天工程。20年來我國載人航天工程堅持高起點、瞄準高目標，用較短的時間突破并掌握了載人航天的多項關鍵技術，影響力不斷擴大。
作為工程三大發起部門之一——中國科學院在載人航天工程立項之初即牽頭負責空間應用系統。1993年中科院黨組研究決定組建“中國科學院空間科學與應用總體部”（以下簡稱總體部）非法人單元，負責空間應用系統工程組織管理及總體技術研究。1993年至2003年，總體部掛靠空間科學與應用研究中心，獨立運行。2003年至2010年，總體部掛靠光電研究院，獨立運行。20年來，總體部有效組織全國眾多承研單位，充分利用“神舟”系列飛船以及“天宮一號”空間實驗室的實（試）驗支持能力開展了一大批空間科學與應用項目，研制的眾多有效載荷產品圓滿完成了歷次飛行試驗任務。同時在地球環境監測、空間天文、空間生命、空間材料、空間環境監測與預報、微重力流體物理等空間科學領域取得一大批具有重大價值的空間科學與應用成果。眾多技術與成果在相關業務衛星中得到了推廣應用，極大地提升了我國空間科學發展水平，為我國經濟建設、科技發展、國家安全、社會進步作出了積極貢獻。
2010年11月，中科院黨組決定在總體部的基礎上成立中國科學院空間應用工程與技術中心（籌）。中心代表中國科學院牽頭負責載人航天等重大科技應用系統方面的總體管理和技術集成。具體包括組織協調相關科研力量，開展空間應用系統的戰略研究、總體規劃、系統總體設計、總體計劃與管理、系統總體集成、系統總體測試、總體支撐保障、在軌運行和應用等工作。同時中心還負責協助管理中科院承擔的載人航天工程各大系統協作配套任務。
2012年8月，中央機構編制委員會辦公室批復同意成立中科院空間應用工程與技術中心，這是我院*一個以組織完成國家重大科技專項工程任務而建立的研究所。自成立以來，中心堅持以建設國內*、的空間總體機構，建設空間站空間應用系統等重大任務的與核心為目標，堅持統籌工程管理和科學研究的協調發展，著力加強中心戰略研究規劃、總體設計、總體計劃與管理、總體支撐保障等能力建設，努力推進中心跨越發展。
根據中心建設發展以及工程任務進展需求，中心設立綜合辦公室、工程處、科技處、人事教育處、質量標準處、財務處、條件保障處等7個職能管理部門，設立系統工程部、專業技術部、戰略發展部、可靠性保障中心4個科研及任務支撐部門。其中系統工程部下設系統設計研究室（并行設計與仿真實驗室）、集成測試研究室（空間軟件評測中心）、有效載荷運控中心；專業技術部下設電子信息技術研究室、結構熱控技術研究室、綜合保障技術研究室；戰略發展部下設戰略規劃研究室、空間探索研究室、數據利用中心。
截至2013年2月，中心共有在職職工186名，其中中國科學院院士1名、正專業技術人員25名，副專業技術人員70名。在職職工中共有中共黨員89名。共有在讀研究生67名，其中博士生12名，碩士生55名。目前，中心已獲得信息與通信工程、計算機科學與技術、航空宇航科學與3個碩士學位授權一級學科培養點和計算機技術、電子與通信工程2個全日制工程碩士專業學位培養點。擁有計算機科學與技術、信息與通信工程2個博士招生專業。
20載凝聚輝煌，空間應用中心（總體部）自成立以來，獲國家科技進步特等獎1項、一等獎1項，全軍武器裝備科技進步一等獎4項、二等獎15項、三等獎7項。1次被授予全國五一勞動獎狀，1次被授予“中國青年五四獎章集體”，2次被表彰為載人航天突出貢獻集體。共有5人獲全國五一勞動獎章，1人獲中國青年五四獎章，29人次獲“載人航天突出貢獻個人”榮譽稱號，3人獲曾憲梓載人航天基金獎。
當前中心正處在科學院落實“創新2020”發展戰略、“一三五”規劃和載人航天工程空間站計劃全面實施的關鍵時期，中心將將緊緊抓住新的發展機遇，以院黨組確定的中心定位為核心，以落實院“一三五”規劃為指導，以完成載人航天任務為根本，以作出“三性”貢獻，成為不可替代的總體單位和實現中心可持續發展為總目標，切實履行好職責，盡心竭力，攻堅克難，以實際行動實現中心更深、更遠、更高的發展。
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