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電泳槽時(shí)凝膠時(shí)間不對(duì)，那么通常膠在60min，1H內(nèi)凝，如果凝的太慢，可能是TEMEN，APS劑量不夠或者失效。APS應(yīng)該現(xiàn)配現(xiàn)用，TEMED不穩(wěn)定，容易被氧化成黃色。如果凝的太快，可能是APS和TEMED用量過多，此時(shí)膠太硬易裂，電泳時(shí)易燒膠。
紋理和托尾現(xiàn)：由于樣品溶解不佳引起的，克服的方法可以在加樣前離心，增加一些增溶輔助試劑如尿素。
蛋白帶過寬，與鄰近泳道的蛋白帶相連時(shí)由于加樣量太多，可以減少上樣量。
電泳時(shí)間比正常要長。可能由于凝膠緩沖系統(tǒng)和電極緩沖系統(tǒng)的PH選擇錯(cuò)誤，即緩沖系統(tǒng)的PH和被分離物質(zhì)的等電點(diǎn)差別太小，或緩沖系統(tǒng)的離子強(qiáng)度太高。
指示劑成微笑符號(hào)(指示劑前沿呈現(xiàn)向上的曲線形)，說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，導(dǎo)致分子有不同的遷移率所致。
指示劑成哭臉符號(hào)(指示劑前沿呈現(xiàn)向下的曲線形)，由于電泳槽的裝置不合適，尤其是凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不*。
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