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氨基酸電泳儀分類有多種。
1、按分離特征可分：氨基酸電泳儀、高選擇性氨基酸電泳儀、高靈敏度氨基酸電泳儀和高分離度氨基酸電泳儀等。
2、按分離裝置可分：氨基酸毛細管電泳儀和氨基酸芯片電泳儀等。
3、按分離規模可分：微型氨基酸電泳儀、小型氨基酸電泳儀和大型氨基酸電泳儀。
4、按進樣自動性可分：手動進樣氨基酸電泳儀和自動進樣氨基酸電泳儀。
5、按應用范圍可分：氨基酸電泳儀和氨基酸普通電泳儀。
6、按產地可分：國產氨基酸電泳儀和進口氨基酸電泳儀。
7、按分離原理可分：氨基酸色譜電泳儀、氨基酸區帶電泳儀、氨基酸凝膠電泳儀和氨基酸等電聚焦電泳儀等。
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