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生物安全柜的選擇較為基本取決于生物試驗中所使用的試驗品類型：
如果生物試驗中只涉及微生物樣品，可以使用基本類型的生物安全柜；2、如果生物試驗中涉及了微生物樣品和微量化學試劑（非腐蝕性），使用裝備外排管道的安全柜是必要的。因為HEPA過濾器并不能有效過濾清除化學氣體，如果不能外排，將對實驗室內工作人員和環境造成威脅；3、如果生物試驗中涉及了細胞毒素類藥物，例如各類癌癥治療藥物，必須使用的細胞毒素安全柜。
另外，需要明確了解生物安全柜與通風柜/*凈工作臺的區分。通風柜和*凈工作臺不屬于生物安全柜，不可使用在涉及微生物材料的實驗或生產過程中。通風柜（通風櫥）是為在化學實驗過程中清除腐蝕性化學氣體和有毒煙霧而設計的。由于沒有裝備HEPA過濾器，通風柜不能有效清除微生物介質。放置在通風柜內微生物樣品會散播到柜外，污染實驗室環境。
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