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1、按用途可分為：小體積樣品全自動固相萃取儀和大體積樣品全自動固相萃取儀

小體積樣品指食品、藥品、血液等樣體，體積量一般在50ml以下;而大體樣品主要指水樣，一般是200ml量以上。市面上現有的全自動固相萃取儀也是通過樣品量的體積不同而設計。

2、按原理分可分為柱萃取和膜萃取全自動固相萃取儀

膜萃取主要為大體積水樣而設計的，膜萃取速度快是其優點，而且不容易堵塞，但是單個樣品的處理成本較柱萃取高。

3、按通道分可分為單通道和多通道固相萃取儀

通常通道數量越多，在處理大批量樣品時，就可以節約更多的時間，特別是上樣的時間。