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二氧化碳培養箱的選購，主要從主要從溫度、濕度、CO2深度、防污染方面控制。所以一般對這四項的控制要求比較高。
二氧化碳培養箱的溫度加熱方式一般分水套式（通過夾套水作為加熱介質，重量重、長溫慢，降溫也慢）和氣套式（通過加熱夾套里空氣。加熱快、降溫快）。水套式適合實驗環境不太穩定（比如用電限制或經常停電）的用戶選用，氣套式特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經常監控水箱運作的情況，還有潛在的污染隱患）。CO2濃度可以通過紅外傳感器（IR）或熱導傳感器（TC）進行監測。熱導式技術成熟，易漂移，當需要的培養條件和頻繁開啟培養箱門時，此控制系統就顯得不太適用了。紅外傳感、成本高，應用在進氣口具有HEPA空氣過濾器的培養箱較合適。
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