ATP熒光儀利用ATP試劑中若干組分如熒光素-熒光素酶等與被測樣本反應產生光子，再利用專門研制的熒光檢測儀來捕捉和檢測發光值，由于被測樣本所含細菌等微生物的數量與所含的ATP值、以及ATP值與發光值之間存在一定的函數關系，因此通過檢測發光值即能得到被測標本所含細菌等微生物含量。
儀器為了滿足現場快速檢測的需求，ATP熒光儀宜選擇手持式從而實現流動狀態即時檢測。
當儀器和試劑配合使用，整體靈敏度達到10‐15‐10‐18摩爾ATP范圍時，可以用于食品表明微生物檢測、手衛生檢測、餐飲器具潔凈度檢測、重點科室和重要活動場所物表檢測和衛生安保、食品加工器具、工作臺等關鍵控制點消毒結果檢測、醫療環境工作平臺（器械表面、內窺鏡、空調進出氣口）衛生學即時評估，其實時監測數據能有效配合HACCP或GMP體系管理的要求。
試劑的ATP試劑盒，必須是可去除游離ATP和體細胞ATP，只針對細菌細胞ATP檢測，所謂去除干擾物，這是基本要求。其次熒光素酶、蟲螢光素、裂解液、取樣拭子等組分好設計成一體化，整體便于現場攜帶方便檢測使用。
ATP熒光儀使用方法：
取樣是影響準確性和一致性的關鍵之一，使用時可參照手持式ATP儀說明書采樣、檢測、計算得出結果并記錄報告。一般來說采樣分兩種情況：
面積類：將ATP拭子采樣棒一支在物體表面或雙手指曲面從指跟到指端來回涂擦個兩次（一只手涂擦面積約30cm2），并隨之轉動采樣拭子。
體積類：將ATP拭子采樣棒一支在待測液體充分浸濕。
取樣后檢測：將拭子放入手持ATP儀，獲得被測樣本與細菌污染程度相對應的ATP生物熒光值并判定衛生狀況。
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