由于藍綠藻的遍布十分的廣泛，遍及各地。是較早的光合作用釋放氧氣的生物重要存在，它可以有不少藍綠藻(如魚腥藻)可以直接固定大氣中的氮，可以提高土壤的肥力，為作物提供能量供給，使作物增產。還有的藍綠藻為人們身體提供必要的營養元素供給人們食用，比如著名的發菜和普通念珠藻(地木耳)、螺旋藻等，都是常見的人們餐桌上的藻類食品。
不過，由于藻類的繁殖生長能力較強，在豐富的水中大量繁殖，并在水面形成一層藍綠色而有藍綠藻腥臭味的浮沫，稱為“水華”。大規模的藍綠藻爆發聚集造成“綠潮”導致水質情況惡化，嚴重的導致水中的生物魚類等大量因為缺氧而死亡，這會給水產養殖戶們造成嚴重的損失。
便攜式藍綠藻分析儀由便攜式主機以及便攜式葉綠素傳感器組成。葉綠素傳感器是利用葉綠色素在光譜中有吸收峰和發射峰這一特性，在葉綠素的光譜吸收峰發射單色光照射到水中，水中的葉綠素吸收單色光的能量，釋放出另外一種波長發射峰的單色光，葉綠素發射的光強與水中葉綠素的含量成正比。
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