下面就一一介紹下液相色譜使用中的幾個重要環節吧。
實驗前的準備工作
1. 過濾流動相。為了保證流動相潔凈，流動相使用前都必須微膜過濾。
2. 流動相脫氣。為了避免流動相中氣泡對儀器（氣泡可能會對儀器及相關設備的正常使用及壽命產生一定影響）及分析結果的影響。
3. 運行液相泵前盡量先清洗泵柱塞部件。清洗液一般采用10%甲醇溶液，也有采用10%異丙醇溶液（5%甲醇或異丙醇等有機相溶液能避免微生物污染，但濃度不能太高，高于20%緩沖液可能會導致鹽結晶析出，碰到酸堿類物質可能會有比較強烈的反應；另外異丙醇粘度較大，清洗能力較強；也有采用純水清洗的，這樣如果儀器每天使用還行，如果長期不用，為了防止微生物繁殖，純水還得用含有有機相的清洗液置換出去）沖洗，這是為了保護泵柱塞和密封圈等部件在泵運行時不被結晶鹽等磨損而導致泵頭漏液。
4. 每天運行儀器前先排氣。一般的液相色譜儀都有排氣功能，沒有的可以不接色譜柱開機運行幾分鐘排氣。
5. 泵運行時盡量不采用大流量模式（主要是換流動相或排氣泡等，流量盡量設為3.0ml/min以內，這樣更有利于保護泵柱塞桿和密封圈等部件的壽命）。
6. 分析前先對色譜系統（整個流路）進行沖洗及平衡，尤其是色譜柱。先用純甲醇沖洗30分鐘，再換10%甲醇水溶液沖洗30分鐘，后換含緩沖鹽或酸堿類物質的流動相平衡30分鐘。色譜柱如果長期沒用，每一步沖洗、平衡量盡量為色譜柱柱容量20倍以上）。如果流動相中不含緩沖鹽或酸堿類物質，純甲醇沖洗完可直接換為流動相。使用色譜柱前知道或懷疑色譜柱中殘留有或酸堿鹽類物質，在用純甲醇沖洗前增加一步10%甲醇水溶液沖洗。
7. 如果色譜柱需要控溫（升溫），要先運行泵后再設柱溫箱溫度。
8. 待儀器運行穩定后（基線基本走平后，這個是經驗值），方可進樣。
樣品前處理
1.樣品濃度不要太大，雜質不要太多，否則色譜柱處理起來壓力很大。
2.進樣前樣品一定得先經微膜（一般采用0.22um或0.45um微膜）過濾。
實驗過程中注意事項
1.為了避免進樣器殘留影響，進樣前先對進樣器進行清洗（這個不是必須的，但盡量是每進一針樣品或標準品前都清洗進樣器和進樣針，當然同一樣品也可以不洗，不同樣品盡量洗），清洗順序為純水、甲醇、流動相。
2.每進一針樣品后要對系統進行一次沖洗、平衡后再進下一針樣品（等度要求不高，梯度要求相對高，主要是沖洗色譜柱中殘留的強保留物質）。
實驗完畢的后續工作
1.做完樣要先清洗進樣器，清洗順序為純水、甲醇。
2.關閉柱溫箱溫度設置。
3.沖洗色譜系統及色譜柱。先用10%甲醇水溶液沖洗30分鐘后換為純甲醇沖洗30分鐘，待基線基本走平停泵。如果流動相中不含緩沖鹽或酸堿類物質，沖洗時流動相可直接換為純甲醇。色譜柱用完后如果長時間內不會再用，純甲醇沖洗量要大于色譜柱柱容量20倍以上的，沖洗后卸下，兩端密封保存。
4.待色譜柱溫度降至接近于室溫時再停泵、關機（這一點需特別注意，目的是防止溫度過高損壞色譜柱）。
5.關機前用清洗液清洗柱塞桿。